소비자에게 보다 안전한 친환경농산물을 전문인증기관이 엄격한 기준으로 선별·검사하여 정부가 그 안전성을 인증해 주는 제도다.

'친환경농업육성법(1997년 12월13일 제정)'에 따라 지난 2001년부터 도입·운영되고 있으며, 친환경농산물로 표시하기 위해서는 인증기관에 친환경농산물 인증 신청을 하고, 친환경농산물 인증기준에 적합하다고 승인된 농장에서만 인증표시를 할 수 있다.

유기농산물이라 함은 유기합성농약과 화학비료를 일체 사용하지 않고 재배(전환기간 : 다년생 작물은 3년, 그 외 작물은 2년)한 농산물을 말한다.

무농약농산물은 유기합성농약은 일체 사용하지 않고, 화학비료는 권장 시비량의 1/3이내에서 사용한 농산물을 말하며, 저농약농산물은 화학비료는 권장시비량의 1/2이내에서 사용해야 한다.

저농약농산물의 농약 살포횟수는 '농약안전사용기준'의 1/2 이하, 사용시기는 안전사용기준 시기의 2배수를 적용하며, 제초제는 사용할 수 없다.

축산물도 별도의 인증기준에 따라 인증을 받게 되며 '유기축산물', '무항생제축산물'로 표기가 가능하다.

유기축산물은 유기축산물 인증기준에 맞게 재배, 생산된 '유기사료'를 급여하면서 인증기준을 지켜 생산한 축산물을 말한다.

친환경농산물은 토양과 물은 물론 생육과 수확 등 생산 및 출하단계에서 인증기준을 준수 했는지의 엄격한 품질 검사와 시중 유통품에 대해서도 허위표시를 하거나 규정을 지키지 않는 인증품이 없도록 철저한 사후관리를 받고 있다.

그러나 친환경 농산물 시장이 성장하면서 부실 인증기관이 난립하는 등 소비자 피해가 빈발해 개편의 필요성이 꾸준히 제기돼 왔다.

한편 친환경농산물 인증농가는 제도 도입 초기 4,678호에서 2008년 17만2,553호로 급증했으며, 2009년 19만8,891호로 정점을 찍은 이후 감소세를 거듭, 2014년 6월 현재 10만6,000호 수준으로 줄어들었다

인증 농산물은 2013년 6월 기준 총 24,132건에 이르며, 인증면적은 144,165ha다. 축산물은 10,399농가, 6,7465건이 인증됐다.