수질오염총량관리제는 수계구간별 목표수질을 정하고, 그 목표수질을 달성·유지하기 위해 오염물질의 배출 총량을 관리하는 제도다.

1990년에 현행 '환경보전법'에서 수질보전관리조항을 분리해 '수질환경보전법'이 제정되면서 수질오염총량제가 도입됐으며, 현재는 '수질환경보전법'이 개정된 '수질 및 수생태계에 관한 법률'에 의해 시행되고 있다.

기존의 '환경보전법'의 배출허용기준에 의한 농도규제방식은 지역의 환경적 특성, 오염원의 밀집도의 차이 등을 고려할 때 수질개선관리의 한계가 있으므로, 보다 과학적이고 효율적이면서 수질과 관련된 각 주체들의 책임을 강화하는 규제방식이 필요해 수질오염총량제가 도입됐다.

즉, 단순히 생활하수와 산업폐수의 배출농도를 규제할 경우, 개별 배출자가 배출기준을 준수하더라고 배출자 수가 증가하면 총 오염물질배출량이 지속적으로 증가하는 문제가 발생한다.

결국 수질오염물질 배출총량 증가가 수질악화로 이어짐에 따라, 배출농도허용기준 중심 물관리의 한계로 수질오염물질의 총량관리 필요성이 대두된 것이다.

시·도지사는 오염총량관리기본방침에 따라 오염총량관리기본계획을 수립해 환경부장관의 승인을 얻어야 한다.

다만, '금강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률', '낙동강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률', '영산강·섬진강수계 물관리 및 주민지원 등에 관한 법률' 및 '한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률'의 적용을 받는 지역의 경우에는 4대강 수계법의 해당 규정에서 정하는 바에 따르면 된다.

그리고 '해양오염방지법'에 따라 오염총량규제가 실시되는 지역의 경우에는 '해양오염방지법'의 해당 규정에서 정하는 바에 따르면 된다.

수질오염총량제는 규제만을 위한 것이 아니라 지역개발계획, 오염물질 삭감계획을 함께 수립하도록 함으로써 수질을 보전하면서 지역경제도 활성화시킬 수 있도록 도입된 제도다.

하천으로 흘러드는 오염물질의 배출 허용량을 정하고, 이를 토대로 수질을 관리하기 때문에 환경규제의 효율성과 목표수질 달성이 가능한 것이다.

또한 환경총량 범위 안에서 개발을 추진하도록 해 환경보존과 개발을 동시에 고려하는 지속가능 발전 방안 중 하나로 꼽힌다.

수질오염총량관리계획은 시·도지사가 수립하는 기본계획과 광역시장·시장·군수가 수립하는 시행계획으로 구성되며 시·군에서는 승인된 시행계획을 바탕으로 공공부문과 민간부문의 오염물질 저감대책이 추진된다.

또 시행계획 대비 추진현황(이행평가보고서)을 1년 주기로 유역환경청장에게 제출하게 되며, 유역환경청장은 이행평가보고서의 검토를 거쳐 시행계획의 원활한 이행을 위해 필요한 경우 광역시장 또는 기초자치단체장에게 추가 조처나 대책을 수립·시행하도록 요구할 수 있다.

한편 그동안 임의제로 시행되던 한강수계에서도 2013년 6월부터 수질오염총량제가 의무화 됐다.

이에 따라 경기·강원·충북·경북 내 84개 시·군 중 한강수계 단위유역에 포함된 52개 시·군과 서울·인천 등 총 54개 지방자치단체가 총량제 실시 대상에 포함됐다.

수질오염총량제는 시행 과정에서 상·하류간 또는 수계간 형평성 문제, 기초 환경자료 부족, 제도의 복잡성, 개발부서의 이해 부족, 재정 부족 등의 문제점이 해결과제이며 지역주민의 역할과 협조가 무엇보다 중요하다.