마이크로시스틴(Microcystin)은 녹조현상을 일으키는 원인인 남조류의 일종인 마이크로시스티스(Microcystis)에 함유된 독성 물질이다.

마이크로시스틴 검출 형태는 -LR, -RR, -YR, -LA 등 4종이며, 그중 -LR의 독성이 상대적으로 강하며, 권고기준은 WHO 1.0㎍/L, 캐나다 1.5㎍/L, 일본 1.0㎍/L 등이다.

마이크로시스틴은 간질환을 일으키는 물질로 알려져 있으며, 간세포에 침투해 세포골격을 붕괴시키고 연이어 혈관세포도 사멸에 이르게 해 간출혈을 일으키게 하는 것으로 알려져 있다.

실제로 외국에서는 남조류로 인해 오염된 물의 투석으로 50명 이상이 간질환으로 사망한 사례도 있으며, 1990년대 캐나다에서 발생한 수만 마리의 오리와 물새류 폐사, 1981년 미국 펜실베니아에서 발병한 피부 질환 및 눈병, 1991년 호주의 소 1600마리 사망 등도 직간접적인 남조류의 독성 때문으로 확인되고 있다.

국내에서 역시 1995년에 부산의 화명정수장에서 마이크로시스틴이 검출돼 커다란 파장을 낳았으며, 이후 부산의 모든 정수장에 녹조를 정수하는 시설, '고도정수처리시설'을 막대한 예산을 들여 설치했다.

환경부와 국립환경과학원은 2012년 9월 남조류(藍藻類) 독소물질인 마이크로시스틴(Microcystin-LR)을 먹는물 수질감시항목으로 지정해 조류 발생 시 상수원수와 정수에 대한 모니터링을 강화하는 등 수돗물 수질관리를 강화하고 있는 상태다.

환경과학원은 "마이크로시스틴은 상수원에 남조류가 다량 발생할 경우 미량 검출우려가 있는 간 독성물질로, 응집침전, 모래여과 등 일반 정수처리 과정에서도 쉽게 제거되는 것으로 알려져 있다"며 충분히 대응할 수 있다고 말하고 있다.