친환경수산물 인증제도는 친환경수산업의 육성 및 소비자 보호를 위해 2008년 도입됐다.

수산물은 농산물에 비해 위생적인 측면에서 위험요소가 많은 환경조건에 노출돼 있으며, 생산·가공·유통에 이르기까지 복잡한 처리 과정이 필요한 특성을 지니고 있다.

이에 따라 식품의 안전성과 웰빙을 추구하는 소비자의 요구를 충족시키기 위해 농수산물품질관리법 제20조에 근거해 친환경수산물 인증제도를 도입하게 된 것이다.

친환경수산물은 동물용의약품 등을 사용하지 않거나 그 사용을 최소화해 환경과 생태계를 유지·보호하면서 생산된 안전한 수산물을 말한다.

현재 친환경수산물 인증대상 품목은 13개이며 이중 김, 다시마, 미역 등 3이 유기수산물에, 간미역, 구운김, 다시마, 마른김, 마른다시마, 마른미역, 마른자른미역, 조미김 등 8종이 유기가공식품에, 뱀장어, 흰다리새우 등 2종이 무항생제 인증대상 품목이다.

2021년 현재 58개 업체가 13개 품목, 90건에 대하여 친환경수산물 인증을 받고 제품을 생산·판매하고 있다.

친환경수산물은 농림수산검역검사본부 등 전문인증기관의 엄격하고 까다로운 심사절차를 거쳐 인증을 받게 되며, 유호기간은 2년이다.

한편 친환경수산물 인증을 받기 위해서는 경영관련 자료와 사료 급이 서류, 수질분석 성적서 등 많은 서류와 1년간의 기록기간이 필요함에 따라 인증까지는 오랜 시간이 걸렸고, 이는 제도 활성화에 걸림돌이 되고 있다는 평가다.