국내 습지 중에서 자연생태가 원시성을 유지하고 있거나 생물다양성이 풍부한 지역, 희귀하거나 멸종위기에 처한 야생생물이 서식 도래하는 지역, 특이한 경관적, 지형적 또는 지질학적 가치를 지닌 지역 등을 국가 또는 시도지사가 습지보호지역으로 지정하고 있다. 1999년 도입됐다.

습지보호지역은 전국내륙습지 일반조사·습지재평가(모니터링)․정밀조사(국립생태원 습지센터) → 지정계획 수립(환경부) → 지역주민·이해관계자 의견수렴 → 관계중앙행정기관 협의 → 지정·고시(환경부) 등의 절차를 통해 지정된다.

습지보호지역으로 지정되면 습지의 보전·관리를 위한 습지보전계획을 수립·시행해 지속적인 모니터링과 정밀조사, 사유지 매입 및 복원, 불법행위 감시 및 개발행위 제한, 필요시 출입제한 등의 보전방안을 시행해야 한다.

아울러 생태탐방로·데크·관찰시설, 생태체험·교육시설 등 습지보전·이용시설, 지역주민 대상 습지관리 선진지 견학 및 습지 보전 교육 등 주민인식 증진사업 등도 추진하게 된다.

현재까지 지정된 습지보호지역은 전국 47개 지역, 1,572.210㎢(개선지역 및 주변관리지역 포함)이다.

환경부는 습지보호지역이 가치있는 습지의 보전은 물론 생태교육, 생태탐방 등 지역경제 활성화에도 활용하는 모범사례가 될 수 있을 것으로 기대하고 있다.