남세균(Cyanobacteria)은 엽록소를 가지고 있어 짙은 청록색을 띠고 있으며 세균 중 유일하게 산소를 생산하는 광합성 세균이다.

과거에는 녹색식물로 간주했지만 원핵생물의 특징을 가지고 있는 독립된 세균이다. 남조류(blue-green algae)라고도 부른다.

부영양화 등 환경적 요인에 의해 개체수가 급증하면 녹조 현상의 주요 원인이 되기도 한다.

환경부는 국내에서 녹조 현상을 일으키는 유해 남세균 4종(마이크로시스티스, 아나베나, 오실라토리아, 아파니조메논)을 지정해 관리하는데 그 중 마이크로시스티스는 가장 보편적으로 녹조 현상을 일으키는 남세균으로 알려져 있다.

마이크로시스티스(Microcystis)는 마이크로시스틴(Microcystin)이라는 간질환을 일으키는 독성물질을 함유하고 있어, 인체에 치명적 위협을 줄 뿐 아니라 가축이나 야생동물의 폐사 원인이 되기도 한다.

남세균으로 인한 녹조를 막기 위해서는 생활하수를 충분히 정화하고 영양염류가 바다나 호수로 흘러들어가지 않게 해야 한다. 또 강이나 호숫가에 식물을 심어 이미 유입된 영양염류를 흡수·제거해야 한다.

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