국립공원내 자연생태계와 자연경관 등 공원의 보호, 자연적 또는 인위적인 요인으로 훼손된 자연의 회복을 위해 지정된다. 

지난 2007년 도입돼 현재 20개 국립공원 146개 지역이 국립공원 특별보호구역으로 지정돼 있다.

이 같은 특별보호구역은 면적이 281.1㎢에 이르며, 2014년에만도 5.5㎢신규 지정됐으며, 0.8㎢는 변경(확대)되기도 했다.

국립공원 특별보호구역 지정기한은 야생생물서식지는 최대 20년, 휴식지는 최대 5년이다.

이 기간 동안 자연공원법 제28조, 동법 시행규칙 제20조에 의거해 해당 대상지에 대한 출입이 전면 통제(탐방로 제외)되며, 위반자에 대해서는 자연공원법 제86조 제2항에 의거 과태료가 부과된다.

1차 위반시 10만원, 2차 20만원, 3차 위반시엔 30만원이 부과된다.