국립생태원은 1989년도에 지정·고시됐던 장항국가산단 사업이 폐기되고, 3개의 정부대안사업(장항생태산단·국립해양생물자원관)중 하나로 추진된 국책사업이다

2009년 7월 착공 이후 2012년 7월 국립생태원 마스터플랜 건립공사를 완료하고 그 해 12월 생태체험관과 야외공간의 조성사업을 완료, 6년여에 걸친 전체 건립공사를 마무리했다. 투입된 총사업비는 3,370억원이다.

국립생태원은 2012년 12월 준공 이후 최적 운영방안을 도출하기 위해 2013년 3월부터 9월까지를 임시운영기간으로 정해 대국민 개방을 실시하며 7개월간 총 1만 5,760명의 관람객을 맞은 바 있다.

이어 2013년 12월 28일 역사적인 정식 개원을 했다.

국립생태원 건립 위치는 충남 서천군 마서면 송내리 일원으로, 99만 8,000㎡(건축연면적 5만9,000㎡)의 면적에 생태체험관, 생태연구동, 멸종위기종연구동, 생태교육동, 방문자센터, 습지 및 생태 체험시설 등의 주요시설로 구성돼 있다.

아울러 국립생태원의 주요 시설이자 랜드마크인 생태체험관(에코리움)은 2012년 12월 준공 이후 건축물의 우수성을 인정받아 건축문화 창달에 기여한 우수 건축물을 대상으로 수여하는 ‘2013 한국건축문화대상’ 우수상을 수상하기도 했다

한편 국립생태원 초대 원장으로는 최재천 이화여대 석좌교수가 취임, 2016년까지 재임했다.

최 원장은 1990년 하버드대에서 생물학 박사학위를 받고 서울대 자연과학대학 생물학과 교수, 환경운동연합 공동 대표, 한국생태학회장 등을 거쳐 2006년 이화여대 에코과학부 석좌 교수로 부임해 강단에 서 온 우리나라 환경분야 대표 학자다.

한편 국립생태원은 충남 서천에 위치해 애초 관람객 유치부족이 우려됐으나 2017년 현재(8월31일기준) 총 누적 관람객 약 350만 명으로, 4백만 돌파를 앞두고 있다.

아울러 올해 6월에는 602명을 대상으로 실시한 고객만족도 조사에서 92%의 방문객이 매우 만족한다고 답변하는 등 가족단위 생태문화공간으로 자리매김하고 있다.