오염의 정도가 심각하거나 황폐화가 우려되는 국·공립공원 등에 대해 출입을 통제해 자연의 생태계를 복원하려는 제도다.

1991년 1월부터 1993년 12월까지 3년간 14개 공원 30개소에서 등산로를 대상으로 처음 시행됐다.

그러나 정식 법 제정 이외에 1990년 10월 15일부터 북한산·속리산 등 11개 공원에 대해 취사와 야영을 금지하며 사실상 '자연휴식년제'를 시행해 왔다.

자연휴식년제의 법적 근거는 자연공원법 제36조의 2의 규정으로 ‘공원관리청은 공원자원의 보호·육성, 훼손된 자연의 회복, 이용자의 안전 기타 공익상 필요하다고 인정할 경우에는 공원구역 및 공원보호구역 중 일정 지역을 지정하여 일정 기간 그 지역의 출입을 제한하거나 금지할 수 있다’고 규정하고 있다.

이에 따라 정부에서는 자연휴식년제를 지속적으로 실시하는 한편 자연휴식년제가 적용되고 있는 구간에 대한 객관적이고 과학적인 조사를 병행하고 있다.

즉, 자연휴식년제의 적용으로 생태계가 어떻게 변화하고 있으며, 인위적 복원조치로 어떤 효과가 나타나는지를 확인하기 위해 주요 구간별로 모니터링을 시행하고 있다.

이밖에도 서울특별시에서는 1992년 하천휴식년제를 도입해 3급이던 우이천 수질을 2급으로 개선시켰다. 또, 금정산(金井山) 일부 지역에도 등산로를 폐쇄해 식물과 조류의 서식 분포지가 늘어나는 효과를 거뒀다.

한편 바다에서도 휴식년제가 실시되고 있다. 해양수산부는 어장을 보호하기 위해 1999년부터 오염이 심한 어장에 대해 휴식년제를 실시, 1~3년간 양식업을 금지하는 조치를 내린다.