소비자에게 보다 안전한 친환경농산물을 전문인증기관이 엄격한 기준으로 선별·검사하여 정부가 그 안전성을 인증해 주는 제도다.

'친환경농업육성법(1997년 12월13일 제정)'에 따라 지난 2001년부터 도입·운영되고 있으며, 친환경농산물로 표시하기 위해서는 인증기관에 친환경농산물 인증 신청을 하고, 친환경농산물 인증기준에 적합하다고 승인된 농장에서만 인증표시를 할 수 있다.

친환경농산물 인증 종류는 3종류로, '유기농산물', '무농약농산물', '저농약농산물' 등이다.

유기농산물이라 함은 유기합성농약과 화학비료를 일체 사용하지 않고 재배(전환기간 : 다년생 작물은 3년, 그 외 작물은 2년)한 농산물을 말한다.

무농약농산물은 유기합성농약은 일체 사용하지 않고, 화학비료는 권장 시비량의 1/3이내에서 사용한 농산물을 말하며, 저농약농산물은 화학비료는 권장시비량의 1/2이내에서 사용해야 한다.

축산물도 별도의 인증기준에 따라 인증을 받게 되며 '유기축산물', '무항생제축산물'로 표기가 가능하다.

유기축산물은 유기축산물 인증기준에 맞게 재배, 생산된 '유기사료'를 급여하면서 인증기준을 지켜 생산한 축산물을 말한다.

친환경농산물은 토양과 물은 물론 생육과 수확 등 생산 및 출하단계에서 인증기준을 준수 했는지의 엄격한 품질 검사와 시중 유통품에 대해서도 허위표시를 하거나 규정을 지키지 않는 인증품이 없도록 철저한 사후관리를 받고 있다.

그러나 친환경 농산물 시장이 성장하면서 부실 인증기관이 난립하는 등 소비자 피해가 빈발해 개편의 필요성이 꾸준히 제기돼 왔다.

한편 친환경농산물 인증농가는 제도 도입 초기 4,678호에서 2008년 17만2,553호로 급증했으며, 2009년 19만8,891호로 정점을 찍은 이후 감소세를 거듭, 2014년 6월 현재 10만6,000호 수준으로 급감했다.

이후 2014년 7월 농약을 사용한 친환경농산물 인증농가들이 대거 적발되며 인증 취소가 줄 이었다.

급기야 2018년 친환경 농산물 인증농가 수는 2017년보다 2천500호 줄어든 5만9,400호롤 기록하며 6만 호 선이 무너졌다.

친환경농산물 인증제도의 신뢰성을 회복하기 위해 정부는 최근 10년 동안 3회 이상 또는 고의·중대 과실로 농약 잔류허용기준을 초과해 인증이 취소된 사업자의 인증신청을 5년간 제한하는 등 인증제도를 강화하고 있다.

아울러 친환경농산물 소비 확대를 위해 인증제도 개선, 가격인하, 새로운 수요처 발굴, 수출 모색 등의 방안을 모색하는 한편 공공급식, 기관 및 기업 급식 등 신시장을 개척하기 위해 노력하고 있다.