녹조현상은 남조류가 과다증식해 수표면에 밀집되는 현상이다.

주로 여름과 가을에 많이 나타나는 남조류는 물속에 녹색 빛을 띠고 있어 녹조현상이라고도 불리며, 기온상승 등으로 환경여건에 따라 발생·소멸 현상을 반복한다.

식물이 성장하는데 필요한 질소, 인 등의 영양물질이 많이 존재하는 부영양 수역에서 주로 수온이 높은 여름철에 수체가 정체돼 물흐름이 잔잔한 상태에서, 종다양성이 깨지고 1종 또는 적은 종류의 남조류가 우점해 대량 증식, 물색을 녹색으로 물들이게 된다.

호소의 표면에 녹조가 덮히면 수중으로 햇빛이 차단되고 용존산소가 추가로 유입되지 않으면서 물의 용존산소량이 줄어들게 된다.

이렇게 되면 물고기와 수중생물이 죽고 악취가 나며, 그 수역의 생태계가 파괴되어 사회적·경제적·환경적 측면에서 많은 문제가 생긴다.

녹조현상의 가장 중요한 발생원인은 수체내 인·질소 등의 영양물질 농도의 증가, 즉 부영양화라고 할 수 있다.

특히 가장 심각한 문제는 유독 남조류가 생산하는 독소다.

이 중 남조류의 일종인 마이크로시스티스(Microcystis)는 마이크로시스틴(Microcystin)이라는 간질환을 일으키는 독성물질을 함유하고 있어, 인체에 치명적 위협을 줄 뿐 아니라 가축이나 야생동물의 폐사 원인이 되기도 한다.

이 같은 녹조를 막기 위해서는 생활하수를 충분히 정화하고 영양염류가 바다나 호수로 흘러들어가지 않게 해야 한다. 또 강이나 호숫가에 식물을 심어 이미 유입된 영양염류를 흡수·제거해야 한다.