지표종(indicator species)은 특정 군집에만 나타나며, 그 군집에서 일어나는 해로운 변화를 경고해 주는 역할을 하는 종을 말한다. 즉, 특정지역의 환경상태를 측정하는 척도로 이용되는 생물이라 할 수 있다.

예를 들어, 송어는 물속에 녹아있는 산소의 농도가 높고 깨끗한 물에서 살기 때문에 수질에 대한 지표종으로 이용되며, 도룡뇽 같은 양서류의 경우에는 올챙이일 때 물에서 자라고 성체가 되면 육지에서 서식하므로 다양한 지점의 환경에 대한 지표로 활용될 수 있다.

지표종과 혼재되어 쓰이는 말 중 '깃대종'이란 단어가 있는데, 깃대종(flagship species)은 UNEP(유엔환경계획) 생물다양성 보전 방안으로 제시된 개념이다.

각 지역의 생태적·지리적·문화적 특성을 반영하는 상징적인 야생생물을 말한다.

깃대종은 보호할 필요가 있다고 판단되며 이 종을 복원·보호함으로써 다른 생물의 서식지도 함께 보전이 가능한 생물종이라 보면 된다.