마라도는 바다 속에서 독립적으로 화산이 분화하여 이루어진 섬으로 생각되나 분화구는 볼 수 없다. 전체적으로 평탄한 지형을 이루고 있으며, 섬의 돌출부를 제외한 전 해안은 암석으로 이루어져 있다.

북서해안과 동해안 및 남해안은 높이 20m의 절벽으로 되어 있고 파도 침식에 의하여 생긴 동굴이 많이 발견된다.

육상식물은 모두 파괴되어 경작지나 초지로 변했으며, 섬의 중앙부에 해송이 심어진 숲이 있을 뿐이다. 그러나 해산식물은 매우 풍부하여, 해조류의 경우 난대성 해조류가 잘 보존되어 제주도나 육지 연안과는 매우 다른 식생을 나타내고 있다.

녹조류·갈조류·홍조류 등 총 72종이 자라고 있는 것으로 밝혀져 있고, 해산동물의 경우 해면동물 6종·이매패류 8종·갑각류 4종 등의 한국 미기록종이 발견되었다.

마라도 천연보호구역은 우리나라에서 가장 남쪽에 위치하고 있어 난대성 해양 동식물이 가장 두드러지고 많은 한국 미기록종과 신종생물이 발견되고 있다. 또한 주변 경관이 아름다워 천연기념물로 지정하여 보호하고 있다.

마라도는 기반암이 현무암질 암석이며 절리가 잘 발달되어 있고, 해중에서 독립 분화한 섬이라고 생각되나 분화구는 볼 수 없다.

등고선은 섬 모양과 같이 동서가 짧고 남북이 긴 타원형을 하며 동쪽등대 부근이 34m로 가장 높으나 전체로 평탄한 지형을 이루고 있다.

섬의 돌출부를 제외한 전 해안은 암석으로 이루어져 있고, 북서해안과 동해안 및 남해안은 고도 20m의 단애를 이루고, 그 곳에 무수한 해식동굴이 발견된다.

파식대는 해식단애가 비교적 완만한 북동해안과 남서해안에 주로 발달하고 특히 남서해안에는 3단의 파식대가 관찰된다.

그러나 해산 동식물은 매우 풍부하여, 해조류의 경우 난대성 해조류가 많이 출현하는 조간대와 조하대 식생이 잘 보존되어 제주도 본 도나 육지의 연안과는 매우 다른 이질적인 식생을 나타내고 있다.

그리하여 녹조류 8종, 갈조류 20종, 홍조류 44종이 밝혀져 있고 해산 동물로는 해면동물이 8종 중 6종이 한국 미기록종, 극피동물은 2종, 자포동물은 히드라충류 2종 산호충류 8종이, 태형동물은 2종, 피낭동물의 해초류는 2종의 생육이 밝혀졌다.

또한 이매패는 7과 12종이 채집되었는데, 그 중 8종은 한국 미기록종이다. 연체동물은 38종, 갑각류는 21종 중 4종이 한국 미기록종이다.

마라도는 육지와 거리가 멀고 섬 주민이 잘 보호관리하고 있는 까닭에 해산 동식물의 생태계는 인간에 의한 간섭이 거의 없는 자연상태를 유지하고 있다.

마라도는 우리나라 최남단에 위치한 섬으로 본토와의 거리가 멀고 주민이 적어 특히 해안 생태계의 유지관리가 잘 되어 있으며, 많은 한국 미기록종 생물이 출현한다.

이 섬은 우리나라에서 가장 남쪽에 위치한다는 지정학적인 이유로 난대성 해양 동식물이 가장 두드러지고 많은 한국 미기록종과 신종생물의 출현을 가능케하고 있으며 그 특유한 생태적 특성과 경관으로 인하여 천연기념물로 지정 보호한다. 

자료 : 문화재청 천연기념물 센터