생물자원을 활용하며 생기는 이익을 공유하기 위한 지침을 담은 국제협약이다.

유전자원의 접근 및 이익공유에 대한 국제적인 강제 이행 사항을 규정하고 있는 것으로 2010년 192개 당사국 정부 대표와 관련 국제기구, 국제민간단체 대표 등 1만 6000여 명이 참석한 가운데 일본 나고야에서 열린 제10차 생물 다양성협약당사국 총회에서 채택됐다.

생물다양성협약 자체는 1992년 6월 채택됐지만, 이익 공유에 대한 내용을 두고 기술을 보유한 선진국과 생물자원을 보유한 개발도상국이 계속 갈등을 빚어 왔다.

총회에서도 선진국들과 개발도상국들 사이에 합의점을 찾지 못하다가 마지막 날 우리나라를 비롯해 EU, 브라질, 중국, 인도, 스위스, 아프리카 대표 말라위 등 주요 20여 개 당사국 정부 수석대표들이 참석한 비공식 고위급 회의에서 폐회를 2시간 남기고 합의에 성공했다.

나고야 의정서는 30개 조문과 2개 부속서로 이루어져 있으며 생물 유전자원을 이용하는 국가는 그 자원을 제공하는 국가에 사전 통보와 승인을 받아야 하며 유전자원의 이용으로 발생한 금전적, 비금전적 이익은 상호 합의된 계약조건에 따라 공유해야 한다는 내용을 담고 있다.

이에 따라 나고야의정서는 2014년 10월 12일에 발효됐으며, 현재 중국, 유럽연합 등 93개국이 나고야의정서를 비준하고 관련 법률 등을 마련하고 있다.

우리나라는 아직 나고야의정서 미비준국이며, 최근 나고야의정서 이행을 위한 '유전자원의 접근 및 이익공유에 관한 법률(안)'을 국회에 제출하고(2016.6.15), 현재 소관위(환노위)에서 심사 중인 상태다.

한편 나고야 의정서 발효 시 국내 피해규모가 연간 2천억원에서 2천5백억원에 달할 것으로 전망되고 있다.

의약, 화장품 등 국내 바이오 업계의 60% 이상이 원천소재인 생물자원을 해외로부터 수입하고 있어 나고야 의정서 발효 시 원가 상승에 따른 경제적 부담 증가가 예상되고 있기 때문이다.

이에 따라 나고야 의정서 발효에 따른 유전자원 접근제한, 이익공유 등에 대비해 범정부 차원의 대책 마련이 필요한 상황이며, 정부는 환경부와 교과부 등 10개부처가 참여하는 범정부 대책을 마련중에 있다.

아울러 2007년 문을 연 국립생물자원관과 2012년 설립된 국립생태원을 중심 축으로, 고유 생물자원의 발굴과 확보, 생물자원 종합관리 시스템 구축, 생물자원산업 지원 및 나고야 의정서 이행을 위한 국내 법·제도 정비 등을 추진하고 있다.